Милена Милинковић рођена је 1960. године у Лозници, где је завршила основну школу и гимназију. Дипломирала је на Правном факултету Универзитета у Београду 1982. године. Положила је правосудни испит 1992. године. 

Има преко 35 година радног стажа и искуства у обављању свих правних послова. Била је учесник различитих радионица и стручних скупова, на основу чега поседује многе сертификате и дипломе.  

Од 1985. до 1992. године обављала је послове самосталног стручног сарадника у РЗЗСС СИЗ-а становања и СИЗ-а за комуналне делатности, грађевинско земљиште и путеве, Београд, која се касније трансформисала у Удружену београдску заједницу становања, а потом у Градско стамбено предузеће.

Од 1993. до 2003. године обављала је адвокатске послове у својој канцеларији при Адвокатској комори Београда, све до избора на судијску функцију.

Од 2003. до 2012. године, обављала је функцију судије Прекршајног суда у Београду, након чега је започела рад у Државној ревизорској институцији.

У Државној ревизорској институцији обављала је послове правне подршке, припреме и подношења пријава и заступање истих пред судовима и тужилаштвима. Као руководилац Групе за правну подршку ревизији, пратила је рад колега у Нишу и Новом Саду, а обављала је послове за потребе ревизорских тимова и у Крагујевцу.

Стекла је звање државног ревизора 2013. године, након што је положила све испитне предмете у складу са прописима.

На функцију секретара Државне ревизорске институције изабрана је маја 2018. године, на период од шест година.